MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Shigella sonnei 53G plasmid B

Total Repeats: 77

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016823	ATG	2	6	41	46	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383181724
2	NC_016823	GGT	3	9	106	114	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383181724
3	NC_016823	GAA	2	6	186	191	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181724
4	NC_016823	GCAG	2	8	195	202	25 %	0 %	50 %	25 %	383181724
5	NC_016823	AAAGCA	2	12	244	255	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383181724
6	NC_016823	AAT	2	6	352	357	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181724
7	NC_016823	GCAG	2	8	366	373	25 %	0 %	50 %	25 %	383181724
8	NC_016823	AGA	2	6	402	407	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181724
9	NC_016823	AAG	2	6	419	424	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181724
10	NC_016823	AAC	2	6	458	463	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181724
11	NC_016823	GCA	2	6	541	546	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383181724
12	NC_016823	A	7	7	581	587	100 %	0 %	0 %	0 %	383181724
13	NC_016823	TGC	3	9	591	599	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181724
14	NC_016823	GTC	2	6	797	802	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181724
15	NC_016823	T	7	7	804	810	0 %	100 %	0 %	0 %	383181724
16	NC_016823	CCA	2	6	815	820	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383181724
17	NC_016823	TGA	2	6	840	845	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383181724
18	NC_016823	GGA	2	6	849	854	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	383181724
19	NC_016823	TAA	3	9	942	950	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181724
20	NC_016823	CAG	2	6	959	964	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383181724
21	NC_016823	ATG	2	6	977	982	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383181724
22	NC_016823	TGAA	2	8	1154	1161	50 %	25 %	25 %	0 %	383181724
23	NC_016823	GCT	2	6	1168	1173	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181724
24	NC_016823	ATG	2	6	1331	1336	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383181724
25	NC_016823	AGA	2	6	1400	1405	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181724
26	NC_016823	AGTT	2	8	1422	1429	25 %	50 %	25 %	0 %	383181724
27	NC_016823	TGT	3	9	1431	1439	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383181724
28	NC_016823	TGCT	2	8	1454	1461	0 %	50 %	25 %	25 %	383181724
29	NC_016823	ATT	2	6	1566	1571	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181724
30	NC_016823	CAAA	2	8	1620	1627	75 %	0 %	0 %	25 %	383181725
31	NC_016823	ATT	2	6	1671	1676	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181725
32	NC_016823	T	6	6	1681	1686	0 %	100 %	0 %	0 %	383181725
33	NC_016823	A	6	6	1696	1701	100 %	0 %	0 %	0 %	383181725
34	NC_016823	TCTT	2	8	1702	1709	0 %	75 %	0 %	25 %	383181725
35	NC_016823	A	6	6	1719	1724	100 %	0 %	0 %	0 %	383181725
36	NC_016823	ATA	2	6	1809	1814	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181725
37	NC_016823	GTT	2	6	1821	1826	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383181725
38	NC_016823	T	6	6	1825	1830	0 %	100 %	0 %	0 %	383181725
39	NC_016823	TA	6	12	1840	1851	50 %	50 %	0 %	0 %	383181725
40	NC_016823	CAAA	2	8	1868	1875	75 %	0 %	0 %	25 %	383181725
41	NC_016823	T	6	6	1879	1884	0 %	100 %	0 %	0 %	383181725
42	NC_016823	GTA	2	6	1887	1892	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383181725
43	NC_016823	T	6	6	1964	1969	0 %	100 %	0 %	0 %	383181726
44	NC_016823	CCT	2	6	1990	1995	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383181726
45	NC_016823	TA	3	6	2015	2020	50 %	50 %	0 %	0 %	383181726
46	NC_016823	AGGG	2	8	2031	2038	25 %	0 %	75 %	0 %	383181726
47	NC_016823	CAT	2	6	2049	2054	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181726
48	NC_016823	CTT	2	6	2055	2060	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383181726
49	NC_016823	TC	3	6	2934	2939	0 %	50 %	0 %	50 %	383181727
50	NC_016823	TTC	2	6	2985	2990	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383181727
51	NC_016823	CA	3	6	3011	3016	50 %	0 %	0 %	50 %	383181727
52	NC_016823	AGC	2	6	3058	3063	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383181727
53	NC_016823	GGCTTT	2	12	3068	3079	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	383181727
54	NC_016823	TGC	3	9	3109	3117	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181727
55	NC_016823	AGA	3	9	3474	3482	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181728
56	NC_016823	GCT	2	6	3502	3507	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181728
57	NC_016823	T	6	6	3531	3536	0 %	100 %	0 %	0 %	383181728
58	NC_016823	GGC	2	6	3540	3545	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	383181728
59	NC_016823	ACTG	2	8	3570	3577	25 %	25 %	25 %	25 %	383181728
60	NC_016823	AAG	2	6	3593	3598	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181728
61	NC_016823	A	6	6	3622	3627	100 %	0 %	0 %	0 %	383181728
62	NC_016823	CAGC	2	8	4004	4011	25 %	0 %	25 %	50 %	383181729
63	NC_016823	T	6	6	4020	4025	0 %	100 %	0 %	0 %	383181729
64	NC_016823	TGC	2	6	4040	4045	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181729
65	NC_016823	GAGT	2	8	4080	4087	25 %	25 %	50 %	0 %	383181729
66	NC_016823	GTT	2	6	4121	4126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383181729
67	NC_016823	A	7	7	4188	4194	100 %	0 %	0 %	0 %	383181729
68	NC_016823	CAT	2	6	4200	4205	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181729
69	NC_016823	TCA	2	6	4252	4257	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181729
70	NC_016823	TGT	2	6	4282	4287	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383181729
71	NC_016823	GTTT	2	8	4355	4362	0 %	75 %	25 %	0 %	383181729
72	NC_016823	GCCT	2	8	4509	4516	0 %	25 %	25 %	50 %	383181730
73	NC_016823	TCTG	2	8	4650	4657	0 %	50 %	25 %	25 %	383181730
74	NC_016823	CGT	2	6	4761	4766	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181730
75	NC_016823	CTGG	2	8	4772	4779	0 %	25 %	50 %	25 %	383181730
76	NC_016823	GT	3	6	4861	4866	0 %	50 %	50 %	0 %	383181730
77	NC_016823	GCCAT	2	10	4867	4876	20 %	20 %	20 %	40 %	383181730

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.